Financiadores do Funbio:

Doação Inicial
Global Environment Facility - GEF/ Banco Mundial

Programa Arpa
Global Environment Facility - GEF/ Banco Mundial
Banco KfW - Kreditaustalt für Wienderaufbau
WWF-Brasil
Natura (somente FAP)
O Boticário (somente FAP)
Fundo Amazônia / BNDES (2ª fase do Arpa)

Fundos de Parceria
Fundação Ford
Instituto Terra
Fundação CSN
Cemig
AS-PTA
Instituto de Pesquisas Ecológicas - IPÊ
Associação Caatinga
Klabin do Paraná Produtos Florestais - KPPF
Rureco

Outras fontes
Alcoa
Alcoa foundation
Banco da Amazônia - Basa
Chemonics
Conservation International
Embratur
Finep
Gordon and Betty Moore Foundation
Hidroelétrica de Mphanda Nkuwa S.A. / Camargo Corrêa
Instituto Arapyaú de Educação e Desenvolvimento Sustentável
KfW - Kreditaustalt für Wienderaufbau
Natura Cosméticos
OCT
Omnia Minérios s/A
Organização das Nações Unidas para Agricultura e Alimentação (FAO)
Petrobras
Secretaria de Estado  do Ambiente do Rio de Janeiro (SEA/RJ)
The Nature Conservancy (TNC)

O Funbio também recebe recursos advindos de multas administrativas e sanções penais direcionados para o programa Carteira Fauna Brasil, e provenientes de compensação ambiental para o Fundo da Mata Atlântica do Estado do Rio de Janeiro.