Com caráter decisório, o Conselho Deliberativo do Funbio é formado por 16 membros, com paridade de representação entre quatro setores: acadêmico, ambientalista, empresarial e governamental. O órgão inclui em sua estrutura o Comitê Executivo, responsável pelo acompanhamento mais direto de todos os processos e programas.

O Funbio também possui um Conselho Consultivo, que congrega todos aqueles que já participaram do Conselho Deliberativo e convidados especiais, funcionando como um fórum para grandes temas da biodiversidade e suas relações com os rumos institucionais.

Subordinadas ao Conselho Deliberativo funcionam comissões técnicas específicas. Essas comissões, integradas pelos membros do Conselho Consultivo de acordo com suas especialidades e interesse, são as seguintes: Conservação, Mercado e Sustentabilidade, Finanças e Auditoria/Conselho Fiscal, Gestão de Ativos e Mudanças Climáticas.

Membros do Conselho Deliberativo

Presidente: Pedro Leitão
Vice-presidente: Álvaro de Souza

Setor Acadêmico
José Augusto Cabral - Centro de Biotecnologia da Amazônia
Miguel Â. Marini - Universidade de Brasília
Oscar Graça Couto - PUC/RJ
Paulo Eugênio de Oliveira - Universidade Federal de Uberlândia

Setor Ambientalista
Aurélio Vianna Jr.- Fundação Ford
Miguel Milano - Fundação O Boticário (Membro do Conselho).
Paulo Moutinho - Instituto de Pesquisa Ambiental da Amazônia (Ipam)
Pedro Leitão - consultor.

Setor Empresarial
Álvaro de Souza - AdS Gestão, Consultoria e Investimentos Ltda.
Bruno Mariani - Symbiosis Investimentos e Participações
Luiz Gabriel Azevedo -  Odebrecht
Roberto Silva Waack - Amata

Setor Governamental
Izabella Monica Vieira Teixeira - Ministério do Meio Ambiente (MMA)
Guilherme Euclides Brandão - Ministério do Meio Ambiente (MMA)
Maria Cecília Wey de Brito – Ministério do Meio Ambiente (MMA)
Rômulo José F. Barreto Mello – Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio)