O EcoFunds foi financiado, inicialmente, pela Fundação Gordon e Betty Moore, organização americana estabelecida no ano 2000 para promover a conservação ambiental e inovações em pesquisas cientificas no mundo e melhorar a qualidade de vida da região da bacia de São Francisco. Por meio da sua Iniciativa Andes Amazônia, a Fundação tem apoiado projetos para viabilizar e manter o financiamento de longo prazo de um conjunto adequado de Unidades de Conservação na região Amazônica, além de capacitar organizações locais e tomadores de decisão.

Para 2011 o projeto receberá um aporte de recursos das fundações Avina e Skoll, para dar continuidade a suas ações durante este ano.