O Probio II está dividido nos seguintes componentes:

1. Priorização da Biodiversidade em Setores Governamentais - Tem por objetivo implementar satisfatoriamente a Política Nacional da Biodiversidade e promover a priorização e integração da conservação e do uso sustentável em atividades governamentais de diferentes setores econômicos.

2. Priorização da Biodiversidade no Setor Privado – Componente de responsabilidade do Funbio, visa incorporar a conservação e o uso sustentável da biodiversidade no planejamento e nas práticas de setores-chave do setor privado. As ações do Funbio terão como foco o apoio à adoção de práticas e modelos de gestão, pelo setor privado, que reduzam o impacto ambiental causado ao longo de sua cadeia produtiva.

3. Fortalecimento Institucional e geração de informação sobre biodiversidade para a formulação de políticas e coordenação - Tem dois objetivos: capacitação técnica, institucional e organizacional das instituições responsáveis pelas políticas relacionadas à biodiversidade no Brasil; e produção e troca de informações sobre  biodiversidade, o que subsidiará a formulação de políticas públicas, o desenho de projetos em todos os setores e o monitoramento dos compromissos internacionais assumidos pelo Brasil, como as metas de 2010 da CDB.

4.  Gerenciamento do Projeto - Apoiará as outras atividades, assegurando a execução, a supervisão, a coordenação e administração eficiente do projeto.