O Sistema Nacional de Unidades de Conservação da Natureza (SNUC), criado pela Lei nº 9.985 de 2000, tem o objetivo de criar e consolidar um sistema de áreas protegidas constituído por diferentes categorias de unidades de conservação (UCs) efetivamente funcionais. Entre os desafios encontrados em sua implementação está a busca pela sustentabilidade financeira - a capacidade das UCs de obter recursos estáveis e suficientes, de longo prazo, para cobrir os custos necessários para um manejo eficiente, permitindo o alcance de seus objetivos sociais, econômicos e ambientais. Para alcançar a sustentabilidade, o Funbio identifica dois passos fundamentais: conhecer a UC e suas necessidades; e elaborar uma estratégia para geração e uso dos recursos.
As unidades de conservação localizadas na Amazônia, especialmente por suas características físicas e pela falta de infraestrutura de transporte e comunicação, vivem uma realidade bastante complexa. A estratégia proposta para o Arpa, com apoio dos parceiros do programa, não enfoca apenas geração de recursos baseados nos ativos das unidades, como visitação e ecoturismo. O Funbio tem trabalhado em estudos que viabilizem o recebimento de recursos oriundos de compensação ambiental, conforme previsto na Lei do SNUC, e de parte do que arrecadam as loterias federais (loteria verde). A idéia é que estes recursos possam ser inclusive direcionados para o FAP.
Em 2008 uma proposta concreta de uso de recursos de compensação no Arpa foi desenhada pelo Funbio em conjunto com a empresa Madeira e Energia S.A. (MESA), responsável pela construção da usina hidrelétrica de Santo Antônio no Rio Madeira, em Rondônia. A proposta aguarda análise e parecer da Câmara Federal de Compensação Ambiental.
Quanto aos ativos que poderiam ser explorados pelas UCs para que elas possam gerar recursos próprios, o Funbio desenvolveu, conforme acordado com a Unidade de Coordenação do Programa (UCP) no MMA, um termo de referência para planos de sustentabilidade. Na Fase 2 do Arpa, que começa em 2010, esse documento poderá ser usado pelas UCs como ponto de partida para a proposição de projetos pilotos.
Vale destacar que o Arpa foi usado como estudo de caso e como base de dados para um grande estudo desenvolvido pelo Funbio para o ICMBio sobre a sustentabilidade do Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC). O resultado final permitiu estimar os custos do SNUC, a lacuna financeira para sua consolidação e fontes de receitas atuais e potenciais.