O objetivo do Programa Arpa é proteger 60 milhões de hectares da Amazônia brasileira na forma de unidades de conservação de proteção integral e uso sustentável. Lançado em agosto de 2002, o programa foi desenhado para ser executado em três fases e tem sua conclusão prevista para 2016. A cada fase correspondem conjuntos de metas para criação e consolidação de áreas protegidas, e para capitalização do Fundo de Áreas Protegidas (FAP) - fundo fiduciário gerido pelo Funbio cujos rendimentos serão empregados na manutenção das UCs.

A Fase 1 (2002 – 2008), cuja execução total dos recursos alocados se dará em dezembro de 2009, pode ser considerada um grande sucesso. Seus principais resultados foram:

• 22 milhões de hectares de florestas transformados em novas UCs;
• 32 milhões de hectares protegidos;
• 61 áreas protegidas federais e estaduais apoidas, sendo 31 UCs de proteção integral e 30 UCs de uso sustentável;
• 20 estudos para criação de novas áreas protegidas em andamento;
• Fundo da Áreas Protegidas (FAP) capitalizado em cerca de R$ 75 milhões.

Na Fase 2 (2010 a 2013), o Programa ARPA pretende:

• Apoiar a criação de 20 milhões de hectares de novas UCs de proteção integral e de uso sustentável.
• Consolidar 27,5 milhões de hectares de UCs já criadas.
• Capitalizar o Fundo de Áreas Protegidas (FAP) com um montante de 140 milhões de dólares.

Na Fase 3 do Programa, previsto para terminar em 2016, as metas serão voltadas para a consolidação efetiva das áreas criadas e estabelecidas nas fases anteriores e na transição do uso dos recursos de doação para os recursos provenientes do FAP e dos mecanismos financeiros desenvolvidos pelo próprio Arpa. A meta final de capitalização do FAP ao final do programa é de US$ 240 milhões.

Para o cumprimento das metas estabelecidas, o Arpa foi estruturado em cinco componentes:

1 - Criação e implementação de novas UCs
Criar e implementar novas UCs de proteção integral e uso sustentável em áreas prioritárias para conservação da Amazônia. Envolve a preparação de estudos ambientais e socioeconômicos sobre a região onde se pretende criar a UC, levantamento da situação fundiária da área, consultas públicas, demarcação e sinalização da área, construção de infra-estrutura, capacitação de pessoal, elaboração de plano de manejo, ações de fiscalização, integração com o entorno e formação de conselho consultivo (para UC de proteção integral) ou deliberativo (para UC de uso sustentável).

2 - Consolidação de UCs de proteção integral existentes
Promover ações de consolidação da infra-estrutura de UCs de proteção integral federais existentes antes de 2002 que agora fazem parte do Arpa. Envolve levantamento da situação fundiária da área, demarcação e sinalização da área, construção de infra-estrutura, capacitação de pessoal, elaboração de plano de manejo, ações de fiscalização, integração com o entorno e formação de conselhos.

3 - Mecanismos Financeiros para Sustentabilidade de UCs
Estabelecer e capitalizar o Fundo de Áreas Protegidas (FAP) e desenvolver de estudos sobre mecanismos financeiros e instrumentos jurídicos que viabilizem a geração de recursos para as UCs. Resultados desses estudos devem subsidiar, na próxima Fase 2 do Arpa, o desenvolvimento de projetos piloto em unidades de conservação de proteção integral.

4 - Monitoramento e Avaliação da Biodiversidade em UCs
Estabelecer um sistema de monitoramento e avaliação ambiental, para as UCs e seu entorno, que auxilie a correta e eficiente gestão das unidades.

5 - Coordenação e Gerenciamento do Projeto
Apoiar a criação e operacionalização das duas instâncias administrativas do Arpa: Unidade de Coordenação do Programa (UCP) e Gerência do Arpa no Funbio.