O Fundo de Áreas Protegidas (FAP) é um fundo fiduciário, de capitalização permanente (endowment fund), que não utiliza a parte principal do seu capital, mas os rendimentos gerados pela sua aplicação. Este fundo canaliza doações ao Programa Arpa destinadas à manutenção das UCs apoiadas.

As doações são feitas por empresas, agências públicas ou privadas, nacionais ou estrangeiras. O FAP já recebeu doações do GEF, WWF, Natura e O Boticário.

Os recursos doados são aplicados no mercado financeiro, de acordo com a política de investimentos sugerida pela Comissão de Gestão de Ativos do Funbio e aprovada pelo seu Conselho Deliberativo, presidido pelo empresário Guilherme Leal.

O Funbio mantém os ativos do FAP em aplicações com perfil de longo prazo e baixo risco, no exterior e no Brasil. Apesar da crise financeira global, experimentada a partir do segundo semestre de 2008, os recursos do FAP alocados no exterior foram compensados pela alta valorização da moeda americana no período, que aumentou o poder de compra em moeda brasileira, minimizando perdas nos investimentos. Aportes de U$ 4,3 milhões foram realizados em 2008 no FAP, permitindo que, em dezembro de 2008, o fundo possuísse um saldo de U$ 25,5 milhões, aproximadamente.

A estimativa para 2009 é que o FAP alcance um saldo de US$ 40 milhões caso se concretize a doação de 10 milhões de Euros anunciada pelo Banco de Desenvolvimento da Alemanha KfW.